Le Clersé entretient des relations fortes avec des partenaires institutionnels comme par exemple la CNAV, les DIRRECTES, l’ARS, et académiques comme la MESHS, l'IEP de Lille, le CEREQ et s'ouvre sur des réseaux associatifs ou professionnels, sur le monde de l’entreprise et de la recherche participative. Il est très impliqué de par ses chercheurs dans des réseaux de recherche nationaux et internationaux et participe à des activités d'expertise et d’appui aux politiques publiques.